L’hypophosphatasie (HPP) est une maladie rare. Sa prévalence est inconnue.
On estime que la fréquence de l’HPP sévère est de 1 cas pour 100 000 enfants nés vivants. La fréquence de l’HPP légère est plus difficile à évaluer, car ses symptômes peuvent être insoupçonnés ou le diagnostic erroné. L’incidence la plus élevée de l’HPP a été signalée dans la population Mennonite du Manitoba au Canada, où 1 nouveau-né sur 2500 présente la forme sévère de la maladie.